E-Rechnung für Arzt- und Zahnarztpraxen: Was wirklich Pflicht wird (und was nicht)

Wer eine Arzt- oder Zahnarztpraxis führt, hört in den meisten Beratungsgesprächen zur E-Rechnung den entspannenden Satz: "Heilbehandlungen sind steuerfrei, das betrifft Sie nicht." Das stimmt — aber nur für einen Teil der Praxis-Realität. Die meisten Praxen haben Bereiche, in denen die E-Rechnungs-Pflicht sehr wohl greift, und fast alle Praxen sind von der Empfangspflicht ohnehin betroffen.

Dieser Artikel klärt, welche Praxis-Umsätze wirklich unter die E-Rechnungs-Pflicht fallen, welche typischen Fallen es gibt, und warum DSGVO-konforme Archivierung bei Heilberufen ein eigenes Thema ist.

Heilbehandlungen sind steuerfrei — und damit ausgenommen

Die Grundregel ist klar: Nach § 4 Nr. 14 UStG sind Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin steuerfrei. Das umfasst die Tätigkeiten von Ärzten, Zahnärzten, Heilpraktikern, Psychotherapeuten, Hebammen, Physiotherapeuten und ähnlichen Heilberufen — soweit die Leistungen tatsächlich der medizinischen Heilbehandlung dienen.

Steuerfreie Leistungen nach § 4 Nr. 8 bis 29 UStG sind von der E-Rechnungs-Pflicht ausgenommen. Das ist in § 14 Abs. 2 UStG explizit so geregelt. Für die reine Patientenversorgung gilt also: Keine Pflicht zur E-Rechnung, weder 2027 noch 2028.

Was zur steuerfreien Heilbehandlung zählt:

• Diagnostik (Untersuchungen, Tests, Befunderhebung)
• Behandlungen (medikamentös, operativ, therapeutisch)
• Vorsorge und Früherkennung mit medizinischer Indikation
• Rehabilitation
• Geburtshilfe
• Hospizleistungen
• Eng damit verbundene Umsätze (zum Beispiel Krankentransporte)

In der Praxis bedeutet das: Die normale Behandlungsrechnung an einen Patienten oder die Abrechnung mit der gesetzlichen Krankenversicherung ist nicht E-Rechnungs-pflichtig. Auch für GKV-Versicherte bleibt die KV-Abrechnung in ihrer bisherigen Form bestehen.

Wo es trotzdem komplizierter wird

Hier liegt der Pferdefuß. Eine moderne Praxis hat fast immer Umsätze, die nicht unter § 4 Nr. 14 UStG fallen. Vier typische Konstellationen:

IGeL-Leistungen und Wahlleistungen

Individuelle Gesundheitsleistungen (IGeL) sind Leistungen, die der Patient privat zahlt und die nicht der medizinischen Heilbehandlung im engeren Sinne dienen. Klassische Beispiele:

• Reiseimpfberatung (außer Pflichtimpfungen)
• Augeninnendruckmessung als reine Vorsorge ohne medizinische Indikation
• Sport-Tauglichkeitsuntersuchungen
• Bestimmte ästhetische Behandlungen ohne medizinischen Hintergrund

IGeL-Leistungen sind oft umsatzsteuerpflichtig, weil sie nicht "der Heilbehandlung dienen" im Sinne von § 4 Nr. 14. Wenn ein Patient solche Leistungen privat zahlt und die Praxis sie an einen anderen Unternehmer abrechnet (zum Beispiel an einen Arbeitgeber für Mitarbeiter-Vorsorge), gilt die normale E-Rechnungs-Pflicht ab dem Stichtag.

Wichtig: Die umsatzsteuerliche Einordnung jeder einzelnen IGeL-Leistung ist Einzelfall-Frage und gehört in die Hand des Steuerberaters. Es gibt Grauzonen, etwa bei der Frage, ob eine Vorsorge-Untersuchung medizinisch indiziert war oder nicht.

Gutachten und Sachverständigentätigkeit

Ein Arzt, der medizinische Gutachten erstellt, ist umsatzsteuerlich in der Grauzone. Steuerfrei sind nur Gutachten, die unmittelbar der Heilbehandlung des Patienten dienen — also etwa ein Gutachten zur Optimierung einer laufenden Therapie. Nicht steuerfrei sind dagegen:

• Gutachten über Todesursachen
• Alkohol- und Drogengutachten zur Fahrtüchtigkeit
• Gutachten für Versicherungsabschlüsse (Lebensversicherung, Krankenversicherung)
• Gutachten über Seh- und Hörvermögen für nicht-medizinische Zwecke
• Tauglichkeits-Gutachten für Berufsausübung

Werden solche Gutachten an Unternehmen (Versicherungen, Gerichte, Behörden) abgerechnet, gilt im B2B-Fall die E-Rechnungs-Pflicht. Bei Gutachten unter 250 Euro brutto bleibt es bei der Kleinbetragsausnahme.

Material- oder Geräteverkauf an Kollegen

Eine Praxis kann gebrauchte Geräte, übrig gebliebenes Material oder Verbrauchsmaterial an andere Praxen verkaufen. Solche Verkäufe sind klar umsatzsteuerpflichtig und damit auch E-Rechnungs-pflichtig im B2B-Verhältnis. In der Praxis sind das oft nur ein paar Vorgänge pro Jahr, aber sie reichen aus, um die Pflicht-Schwelle für die Versandfähigkeit zu treffen.

Vermietung von Praxisräumen oder Praxistechnik

Wer einen Teil der Praxisräume an einen Kollegen untervermietet (zum Beispiel die "Mittwochs-Praxis" eines Spezialisten), erbringt eine Vermietungsleistung. Die ist nach § 4 Nr. 12 UStG zunächst steuerfrei. Wenn aber zur Umsatzsteuerpflicht optiert wird (was bei Vermietung an einen vorsteuerabzugsberechtigten Mieter möglich ist), greift die normale E-Rechnungs-Pflicht für diese Mietrechnungen.

Die Empfangspflicht gilt immer

Das wird in Beratungsgesprächen oft übersehen: Auch eine Praxis, die ausschließlich steuerfreie Heilbehandlungen abrechnet, ist seit 1. Januar 2025 empfangspflichtig für E-Rechnungen. Wer Lieferanten hat (Medizinprodukte-Hersteller, Verbrauchsmaterial-Händler, Wartungsdienstleister für Geräte), wird zunehmend E-Rechnungen bekommen.

Was die Praxis dafür braucht:

1. Eine Möglichkeit, E-Rechnungen zu empfangen. Eine spezielle E-Mail-Adresse, idealerweise nur für eingehende Rechnungen, ist der einfachste Weg.
2. Eine Möglichkeit, sie zu lesen. Bei XRechnung braucht es einen Viewer, weil die XML nicht direkt lesbar ist. Unser kostenloser XRechnungs-Viewer reicht für gelegentliches Lesen.
3. Eine GoBD-konforme Archivierung über mindestens 8 Jahre. Das ist seit dem 1. Januar 2025 die geltende Aufbewahrungsfrist für Buchungsbelege (verkürzt von 10 Jahren durch das Vierte Bürokratieentlastungsgesetz). Eine PDF des XML reicht dafür nicht — die Original-XML muss erhalten bleiben.

Wer noch keine eigene Empfangslösung hat, sollte das jetzt klären. Mehr zu den Anforderungen an eine gute Empfangslösung steht in unserem Empfangs-Artikel.

DSGVO und Patientendaten: Eine eigene Herausforderung

Bei Heilberufen kommt eine Dimension dazu, die andere Branchen nicht in dieser Schärfe haben: Patientendaten unterliegen der ärztlichen Schweigepflicht und der DSGVO. Das hat zwei praktische Auswirkungen auf den E-Rechnungs-Workflow.

1. Eingehende Rechnungen können Patientendaten enthalten. Wenn ein Labor eine Rechnung für eine Patientenprobe schickt, steht in der Rechnung möglicherweise der Patientenname, das Untersuchungsmaterial und der Befund. Solche Daten dürfen nicht in jedem beliebigen Cloud-Archiv landen. Bei der Wahl einer E-Rechnungs-Empfangslösung sollte die Praxis prüfen:

• Wo werden die Daten gespeichert (idealerweise Server in Deutschland oder zumindest EU)
• Ist die Speicherung verschlüsselt
• Gibt es einen Auftragsverarbeitungs-Vertrag (AV-Vertrag) nach Art. 28 DSGVO
• Wer hat Zugriff auf die Daten

2. Ausgehende Rechnungen an Patienten. Wenn die Praxis IGeL-Leistungen oder Privatleistungen abrechnet, gehen die Rechnungen an die Patienten. Diese Rechnungen sind nicht E-Rechnungs-pflichtig (Patienten sind Privatpersonen, also B2C). Sie können also weiter als Papier oder PDF erstellt werden — was im Praxisalltag deutlich praktischer ist.

3. Ausgehende Rechnungen an Versicherungen. Wenn die Praxis Gutachten oder ähnliche Leistungen an Versicherungen oder Gerichte schickt, sind das B2B-Umsätze. Hier gilt die Pflicht — und gleichzeitig die DSGVO-Anforderung. Manche Versicherungen haben dafür spezielle Empfangs-Portale mit erhöhten Sicherheitsstandards.

Was die Praxis konkret braucht

Für eine durchschnittliche Arzt- oder Zahnarztpraxis lassen sich drei Szenarien unterscheiden.

Szenario 1: Reine GKV-Praxis ohne IGeL und ohne B2B-Umsätze

Die KV-Abrechnung läuft wie bisher, Privatrechnungen an Patienten bleiben als Papier oder PDF möglich. Die einzige Pflicht: eine funktionierende Empfangslösung für eingehende E-Rechnungen von Lieferanten. Das ist mit wenig Aufwand machbar — eine dedizierte Mail-Adresse und ein einfaches Archivierungssystem reichen, sofern die DSGVO-Anforderungen erfüllt sind.

Szenario 2: Praxis mit nennenswertem IGeL-Anteil und gelegentlichen B2B-Umsätzen

Hier wird es ernster. Sobald regelmäßig Rechnungen an Versicherungen, Arbeitgeber oder Kollegen rausgehen, braucht die Praxis eine Lösung für ausgehende E-Rechnungen. Drei Wege:

• Eine spezialisierte Praxis-Software, die E-Rechnung unterstützt (zum Beispiel DAMPSOFT für Zahnärzte, Doctorsoft, Medisoft, Quincy)
• Eine separate Buchhaltungssoftware wie sevdesk oder Lexware für die nicht-KV-Umsätze
• Eine Layer-Lösung wie Belegschmiede, wenn die bestehende Praxis-Software keine E-Rechnung kann, aber Word- oder Excel-Vorlagen genutzt werden

Szenario 3: Praxis mit umsatzsteuerlich relevanten Spezialgebieten (Gutachterstellen, Praxis-Vermietung, Ausbildungspraxis)

Hier kommt die Praxis nicht um eine professionelle Lösung herum. Die Komplexität (Mischfälle aus steuerfreien Heilbehandlungen, steuerpflichtigen Gutachten, optierter Vermietung) ist mit Standard-Praxis-Software meistens nicht abbildbar. Steuerberater einbinden, individuelle Lösung wählen.

Was die Versandpflicht ab 2027/2028 bedeutet

Wenn die Praxis ab 2027 oder 2028 versandpflichtig wird, gilt das nur für ihre nicht-steuerfreien B2B-Umsätze. Für die normale Patientenabrechnung bleibt alles beim Alten.

Konkret: Eine Praxis mit 1,2 Millionen Euro Jahresumsatz, davon 1,15 Millionen aus steuerfreien Heilbehandlungen und 50.000 Euro aus IGeL und Gutachten, fällt zwar mit dem Gesamtumsatz über die 800.000-Euro-Schwelle. Die Versandpflicht ab 2027 gilt aber nur für die 50.000 Euro nicht-steuerfreien Umsätze. Bei den meisten Praxen sind das überschaubar viele Rechnungen pro Jahr.

Wer in Szenario 1 ist (reine GKV-Praxis), kann die Frage der Versandpflicht weitgehend ignorieren. Wer in Szenario 2 oder 3 ist, sollte rechtzeitig vor dem Stichtag eine Lösung haben. Welche genauen Schwellen gelten und welche Übergangsregelungen es gibt, steht in unserem Pflicht-Artikel.

Was Praxen jetzt konkret tun sollten

Drei Schritte für jede Praxis, unabhängig vom Szenario:

1. Steuerlichen Status klären. Mit dem Steuerberater durchgehen: Welcher Anteil der Praxis-Umsätze ist steuerfrei nach § 4 Nr. 14, welcher Anteil ist umsatzsteuerpflichtig? Welche B2B-Umsätze hat die Praxis? Das ergibt die Pflicht-Landschaft.

2. Empfangsweg sicher aufstellen. Eine dedizierte E-Rechnungs-Mailadresse einrichten, GoBD-konforme Archivierung sicherstellen, DSGVO-Anforderungen prüfen. Das ist die Mindest-Pflicht und gilt schon heute.

3. Bei B2B-Versandpflicht: rechtzeitig eine Lösung wählen. Wenn die Praxis zwischen 2026 und 2028 erwartbar in die Versandpflicht reinwächst, sollte mindestens 6 Monate vor dem Stichtag eine Lösung implementiert sein. Last-Minute-Umstellungen sind im Praxisalltag besonders unangenehm, weil parallel das Tagesgeschäft weiterläuft.

Heilberufe sind eine der wenigen Branchen, in denen die E-Rechnung für den Hauptumsatz nicht greift. Das schafft den Eindruck, das Thema sei nicht relevant — was im Hauptgeschäft auch stimmt. Bei den Nebenumsätzen und bei der Empfangspflicht ist es aber sehr wohl relevant. Wer den Empfangsweg klärt und die wenigen B2B-Rechnungen sauber abwickelt, hat das Thema mit überschaubarem Aufwand erledigt.